MedicalStudio, un outil pour les spécialistes du cerveau
on Sunday, June 1 2008 à 18:45 - Etudes | 18 comments »
Je ne résiste pas au fait de vous rédiger un petit billet sur ce logiciel sur lequel j'ai du travailler pour un cours d'imagerie médicale. MedicalStudio est un logiciel d'imagerie médicale utilisé essentiellement pour travailler sur le cerveau humain. Comme vous le savez, lorsqu'on passe dans un scanner (le gros tube qui fait plein de bruit), les medecins peuvent en extraire des images assez détaillées sur notre corps. Ces images sont en fait une série de photos superposées l'une sur l'autre.
Alors voilà, c'est bien d'avoir toutes ces images, c'est pratique pour savoir ce qu'il y a dans le corps... mais c'est pas toujours évident de travailler sur un sujet sur base de ces images. Idéalement avoir une image 3D c'est souvent plus pratique.
Et c'est là que moi j'arrive ... tout gentil tout frêle ...
Début avril je suis allé à l'hopital Saint-Luc à Bruxelles pour qu'il me montrent comment ils travaillent. Pour le moment c'est vraiment le boxon dans leur façon de travailler. Quasi pour chaque opération sur une image ils doivent utiliser un autre logiciel car il n'y a aucun logiciel qui contient toutes les fonctionnalités nécessaires. Bref, on m'a demandé d'intégrer les fonctions d'un des programmes dans MedicalStudio qui se veut devenir l'interface qui regroupera toutes les opérations sur les images médicales (de là son nom).
Ce qui est cool avec MedicalStudio c'est qu'il est cross-platteforme, qu'il tourne nickel sous Windows et sous Linux ... normalement il devrait aussi tourner sur Mac mais j'ai pas essayé. Tout ça grâce à la magie de cmake car c'est évidement programmé en C++ tout ça. Et pour couronner tout ça il est LIBRE (sous GPL)
Mais qu'est-ce que j'ai donc fait là-dedans? Eh bien j'ai crée un composant pour MedicalStudio qui permettait de passer des images IRM issues d'un scanner comme on peut voir les 3 images en noir sur la figure suivante :
A un mesh segmentée en 3D comme on peut voir sur fond bleu sur la figure. Ca nous donne un résultat (en plus grand) comme ça :
Tout ça je l'ai fait en me basant sur les outils de traitement d'images médicales VTK qui sont vraiment performants et qui ont déjà une bonne partie des algorithmes de traitement d'image pure implémentés. Ca m'a aussi permis de ne pas devoir ré-inventer la roue chaude 
Bref, après plus de 50 heures de travail sur ce p**** de programme j'ai enfin réussi à faire un truc qui tourne et qui est convivial à l'utilisation. Vivement dans 70 ans quand le toubib fera un scanner de mon cerveau et que je lui dirais : vous voyez votre logiciel, eh bien j'ai contribué à sa conception !!! mdr 
Et pour les médecins qui passent par ici ... désolé si j'avais pas mis de screenshot avec un cerveau. Ici je vous montre même encore mieux, une image combinée avec le mesh d'un cerveau avec par dessus le mesh visage à moitié transparent. De cette manière on peut même travailler en parallèle sur les deux mesh. 
Comments